未来的东部新城地区将面临着很多需要直接面对的问题：首先，龙华二线扩展区已经不是一张“白纸”，大部分的土地已经出让，给未来新城建设形成统一的空间形象造成一定难度；其次，在对外交通条件提升的同时，广深港快线、沿海铁路等高速铁路线对城市产生切割和影响；再次，东部民治地区现状环境较差，工业用地较多，环境改造难度较大。

基于对以上存在问题的分析，目前，龙华新城的发展存在以下几方面的挑战：土地资源急需协调整合；基础和公共配套设施落后；工业用地改造动力不足；与特区内道路联系不便。