第四十六条 自然资源保护的目的
自然资源保护主要是对东部生态组团中的山体资源、植被资源、水资源区、滨海岸线以及红树林等自然资源进行保护，在所保护的范围内严格控制开发建设活动。
第四十七条 水资源保护
规划确定 4 处饮用水源保护区，包括罗屋田水库、径心水库、打马沥水库、枫木浪水库，划定一级水源保护区面积 12.74 平方公里，二级水源保护区 22.34 平方公里，严格按照《深圳饮用水源保护条例》的相关规定进行保护。
第四十八条 山体资源保护
规划对组团内的 6 个主要山体：排牙山、笔架山、犁壁山、麻雀山、锣鼓山、七娘山进行保护，划定保护范围，总面积为 199.70 平方公里。
山体资源保护控制措施如下：
1 、对进行旅游开发的山体应严格控制游览路线以外的区域；
2 、严禁毁林种果、开山取石，保持山体轮廓，加强山体绿化；
3 、在核电站周围以山体为屏障设置生态缓冲区，严禁各类开发活动；
4 、严格控制道路建设对山体的破坏，减少开挖，山区道路建设必须首先进行山体、植被景观、环保等各方面影响的综合评估。
第四十九条 岸线保护与利用
1 、划定岸线保护区范围包括：自海岸线（指沿海岸黄海高程系 0.85 米 等高线）起，海域至 1000 米 等距线，陆域未建成区一般至 500 米 等距线，陆域建成区范围由下层次规划确定。
2 、岸线保护规划的原则
遵循生态保护、旅游优先、集约利用、公共拥有原则进行海岸线保护性和利用。
3 、规划对东部生态组团的滨海岸线采取如下特别保护措施：
将规划区内海岸线划分为专用岸线、公共岸线以及受保护的自然岸线三个类型进行控制。
（ 1 ）专用岸线：主要用于港口开发和工业用途的岸线，包括的岸线有下洞油库码头、 LNG 和东部电厂码头、核电码头、沙鱼涌码头以及坝光码头，岸线长 31.4 公里 。非市级以上重大项目，不得增加专用岸线。
（ 2 ）公共岸线：包括生活岸线和旅游岸线， 岸线的开发应保证向公众开放，尽量避免修建永久性建筑，仅配置必要的小型服务设施。暂不开发的岸线按照自然保护岸线的要求进行控制。公共岸线长 43 公里 ，分布于以下片区：溪涌、土洋、官湖、迭福、下沙、水头沙、南澳、西冲、东冲、东农、新大、龙岐湾、鹏城和新大。
（ 3 ）自然保护岸线：严禁人为的破坏，保护基岩的完整，水质的清洁，岸线长 70.9 公里 。
第五十条 天然景观地貌保护
将仙人石、秤头角、穿鼻岩、贵仔角、海柴角、洲仔头、赖氏洲、蟹岩、穿鼻岩等自然景观作为特殊自然景观保护区，严禁任何开发建设。
第五十一条 红树林保护
对处于坝光和东冲片区的红树林地划定保护范围，面积为 28.82 公顷 ，严禁侵占红树林，任何破坏其水质和改变其水域径流的工程，都要进行生态研究论证其对红树林的影响。在红树林保护范围的周围留出 200 米 生态隔离带，留出鸟类栖息生活迁徙的空间。
第五十二条 河流和湿地的保护
1 、河流与湿地作为特殊的地貌具有防洪排涝、维护生态平衡、调节气候、改善景观的功能，必须予以保护。
2 、河道两侧及天然湿地周边布置生产防护绿地和公共绿地，必须予以严格控制，禁止侵占。
第五十三条 人文保护资源规划
1 、人文资源保护目标：充分挖掘和保存传统文化和历史遗产，注重城市历史文化的延续性，弘扬岭南文化和客家文化特色，有效保护文物古迹文化特色，有效保护文物古迹和革命史迹，把东部生态组团建设成为有富有地方文化特色的地区。
2 、人文资源保护单位的分级与分类：东部生态组团人文资源保护单位共计 10 处。其中大鹏所城为国家级重点文物保护单位，东江纵队司令部旧址为省级文物保护单位，市级文物保护单位 4 处：大鹏镇赖太母墓、大鹏镇刘起飞墓址、大鹏东山寺龙井、中共抗日军政第七干校校址。另有 4 处历史遗迹依照市级文物保护单位的规定进行保护，分别为振威将军赖恩爵墓、大鹏镇大坑烟墩、咸头岭新石器遗址、东江纵队北撤纪念亭。
3 、在人文资源保护单位保护范围的所有文物建筑（包括附属设施）必须严格予以保护，不得损毁和破坏原有风貌。在大鹏所城遗址内拆迁建筑物须经文物主管部门和规划部门批准。
在文物保护单位建设控制地带的建设项目，其体型、体量和风格等，应与文物建筑相协调。 国家、省、市级文物保护单位的保护应按绝对保护区、景观 保护区 和 环境保护 区三级进行保护和控制：
1 ）绝对保护区：指文物本身必须遵照国家《文物保护法》的相关条目严格进行保护，被保护对象有破损的，应按原状修复。
2 ）景观保护区：指与文物关系密切且景观上融为一体的环境区域。在此范围内不得进行与保护对象无关的工程建设。
3 ）环境保护区：指对文物保护有影响的环境控制区。在此范围内不得增建、新建与保护对象不想协调的建筑物、构筑物。
4 、对于东部生态组团中代表城市传统风貌和地方特色的街区和和旧村落等，划为历史文化保护街坊，具体范围包括以下旧村：半天云旧村、高岭旧村、金龟旧村、鹅公旧村、杨梅坑旧村、西贡旧村，原有建筑应予以保留，并按下列规定进行保护：
（ 1 ）传统商业街市老字号店铺等，应加以保护，出现损毁的应按传统特色形成恢复；
（ 2 ）传统街区内的建筑应以原有的建筑风格和低层建筑为主，以保护街区原有的环境尺度；
（ 3 ）传统街区内所建项目的建筑风格、体量、色彩等方面，应与街区环境协调统一，不得破坏整个街区的环境风貌。
旧村落民居具有独特的建筑特色，规划将原有旧村作为旅游区予以保护，禁止拆除、破坏传统建筑，其它建筑可以作为商业及服务业设施进行改造，但必须避免对原有建筑环境的破坏。
